问题补充： 是染色体的对数，还是单纯的某些基因的差异？
感谢相邀，生殖隔离主要和生物细胞内的染色体条数有关，也和生殖细胞卵细胞表面的糖蛋白有关，其实还有其他一些隔离机制。
在生物体细胞内，染色体一般都是成对存在的，在形成生殖细胞时，精（卵:)原细胞经过减数分裂，形成了染色体成单存在的精子和卵细胞。同种生物雄性个体和雌性个体体细胞内染色体数目相同，经过减数分裂形成的精子和卵细胞内的成单存在的染色体条数也就相同。这样受精时精子和卵细胞结合形成的受精卵里的染色体才能都成对存在；不同种生物雄性个体和雌性个体它们体细胞内的染色体对数是不同的，它们产生的精子和卵细胞内染色体条数也就不同，它们结合成受精卵后必然会有成单存在的染色体，这样的受精卵发育成胚胎的几率是很少的。
也许你会有疑问:有些不同种生物体细胞内染色体数目相同，它们交配也不能产生后代是因为什么？这主要是因为在雌性卵细胞表面有一种糖蛋白这种物质，它能识别精子是同种生物雄性的还是异种生物雄性的，它只允许同种生物雄性的精子进入卵细胞内结合为受精卵。这也是生殖隔离机制之一。
生殖隔离对物种基因起着保护作用。环境可能会对两者之间的繁殖造成外部障碍，但是仅仅是外部屏障如河流或山脉并不能使早期物种成为独立、成熟的物种。异域性可能会启动这一过程，但要完成物种形成，内部(即基于基因的)基因流动障碍的进化是必要的。如果基因流动的内部障碍不进化，如果两部分群体中的个体重新接触，它们将自由杂交。无论进化出什么样的基因差异，都会随着它们的基因融合在一起而消失。物种形成要求两个早期物种不能一起产生可存活的后代，或者避免与另一个群体的成员交配。
这里有一些阻碍基因流动的障碍，它们可能有助于物种形成。它们源于自然选择、性选择，甚至遗传漂变；
不同交配地点、交配时间或交配仪式的演变；
交配的这些方面基于基因的改变可以完成生殖隔离和物种形成的过程。例如，建造精致鸟巢的园丁鸟，并用不同的颜色装饰，以吸引雌性。如果两个早期物种在这种交配仪式中进化出差异，可能会永久隔离它们并完成交配过程。
性器官之间缺乏“契合度”；
对我们来说很难想象，但对于生殖器形状多变的昆虫来说，这是一个大问题！
后代不能存活或不育；
如果两组交配的后代不能存活或不能繁殖，那么所有的求爱和交配都是浪费。
地理隔离会引发物种形成事件——但基因变化是完成这一过程的必要条件。
生殖隔离的出现意味着新物种的出现，不同物种之间存在着生殖隔离可以保证物种发展繁衍的稳定性。
生殖隔离大体上可以分为两类：
一、第一种是两物种无法进行交配，具体可以体现在：
- 虽然处于相同的区域但是生态地位不同无法交配；
- 以植物为例两种植物的开花期不同，无法实现授粉；
- 雌性动物和雄性动物的性习性完全不同，实现不了交配；
- 生殖器官构造上的差异导致无法交配；
二、第二种是两个物种交配后实现无可繁殖行后代
- 交配和精细胞和卵细胞无法实现融合；
- 两个物种可以生育后代，但是后代不可育，例如马和驴结合生出骡子，但是骡子不可育；
- 物种杂交后勉强生育后代，但是后代孱弱无法正常长大。
无论是外在行为上的不协调或者是内在生殖细胞的不结合，归根结底的原因都是基因在起作用。生物的行为和外在形状都是由内在基因决定，存在生殖隔离意味着基因上的差异。
一个物种因为地理环境的改变例如河流的阻隔等，形成了两个种群。两个种群随着时间都在进行着基因的突变、变异，因为不同环境的选择，形成了新的压种，当两个种群间出现生殖隔离意味着新物种的诞生。
物种间生殖隔离的存在至关重要，可以保证生物的多样性和物种的稳定性，可以阻碍基因在不同物种间的交流。
文/科学黑洞，图片来源网络侵删。
生殖隔离和地理位置、活动季节、体型、生殖器官构造和尺寸、染色体数量等因素全部相关，简单说就是一切影响生殖的因素都相关，因为差异会导致基因交流的减少，于是会有种群的隔离和分化。
生物的进化靠繁殖，只有繁殖才可以将可遗传变异遗传给后代，这样会导致种群基因库中基因频率的改变，由此推进种群的缓慢进化。另一个问题是繁衍导致种群数量的增加，于是导致比较强烈的种群内部的竞争，于是种群就可能分散，就如同人类远祖的选择一样，在从林中食物充足，何苦来到地面上觅食？还不是因为种群繁衍导致资源不足，生存竞争中的败者只能来到地面上，寻找新的栖息地新的食物。人类远祖没办法就只能来到地面上，好在由于智力的发展，人类学会了制造武器和应用火焰，于是人类可以打别的猛兽作为食物。
种群分化的结果就是遭受的自然选择因素不同，因此种群基因库就向不同的方向分化，于是不同的种群基因差异越来越大，而生物的性状都是基因决定的，所以慢慢地生物的性状会趋向于不同，于是慢慢地生物会变得很不相同，于是生物的生殖系统、生活习惯等方面会有相当大差异，有的动物白天活动有的夜晚活动，两者不相遇自然不能交配；而大象的体型大，生殖器官也大，它自然不能和马之类的动物进行基因交流。这些隔离因素导致生物的差异越来越大，最终使得同一种生物的不同种群向着不同的方向演化，成为不同的物种。
如今的猫狗都有这样的趋势，他们都是人类培育的生物，由于人类审美的因素导致猫狗的体型、毛色等方面存在比较大的差异，他们之间甚至已经不能相互交配了，就像茶杯犬，那么小的体型完全就不能和大丹等犬种交配繁殖，相互之间的基因差异会越来越大。不过这和自然选择存在一定区别，因为满足的是人类的取向，于是它们甚至都丧失自主生殖的能力。目前的哺乳动物都是辐射演化的结果，其实都是同一个哺乳动物始祖演化来的，所以存在十分相似的性状，基因方面的相似程度更高，比如人类和黑猩猩的基因相似度在96%。
狮虎兽
总的说来只要是影响交配等基因交换的因素都会导致生殖隔离的发生，日常说的生殖隔离只要是因为染色体数量引起的，导致细胞中的染色体配对不同，姐妹染色单体配对既有同源区域也有非同源区域，于是染色体无法完美配对，导致基因的功能难以实现。而实际上就算是染色体数量相同，染色体结构也可能不同，还是会存在非同源区段，比如狮虎兽，就是狮子和老虎交配产生的，它们的染色体都是18对，但是染色体无法完美配对，导致绝大多数狮虎兽存在生殖障碍，所以如今我们将狮子老虎当作不同的物种。
只要生物种群基因无法交流，或者无法形成有效的交流，比如狮虎兽这种基本没有生殖能力的动物，就无法影响到种群的基因，那么只会导致基因差异越来越大，最终彻底无法交流，如今的狮子老虎因为体型、染色体数量都还是差不多，还能形成狮虎兽，但是自然环境中它们无法交流基因，未来的狮子和老虎会无法结合生育，不过它们可能等不到那一天了，因为老虎快灭绝了，狮子种群数量也大幅度降低。
应该和酶有关。精子一旦进去卵子，就不排除可能。但是异种之间很可能精子无法进入，所以要有适当的酶来实现进入。进入才有可能。
有的朋友认为染色体数量的差异是一个因素，我不太认可。单数会导致下代不育，但不一定本身不会发育。骡子就很典型。
其他物种也不是没有可能，实际上转基因技术或者染色体注入，都有可能实现。不过是个概率问题。
所以矛盾的实质还是精子是否能进去卵子的问题。
生殖隔离分6种：地理隔离、生态隔离、季节隔离、生理隔离、形态隔离和行为隔离。
地理隔离就比如2个大陆之间动物没有互相接触的能力。
生态隔离就比如同一区域内水生和陆生也不能互相接触。
季节隔离用植物距离更加方便，应为花期不一样所以不能互相授粉。
生理隔离是指不同生物生殖器官不匹配，比如鸡是没有阴精的，所以公鸡不能给母鸭授精。
形态隔离是指同物种但是体型不一，比如藏獒和吉娃娃。
行为隔离就比如蚂蚁交配前需要飞婚一样，需要先增加荷尔蒙含量才能进行交配。
为什么要有生殖隔离，生殖隔离有什么作用？没有生殖隔离又会怎样？
为什么动物和植物不能交配？为什么辣椒与茄子不能杂交产生后代？为什么与人类基因相似度高达98%的黑猩猩人也不能与人类杂交产生后代？为什么马和驴杂交产生的骡子没有生育能力？
其实，这就是生殖隔离。
根据达尔文的生物起源假说“进化论”来看，地球上的所有生物都是同根同源。而最初始的生命可能是在38-42亿年前一个偶然机会下，由无机分子转变为有机分子又逐渐转变为到单细胞生物。于是万物之祖诞生了！
生命就这样存在了30多亿年，直至距今5.4亿年前，地球生物开始了第一轮生物大爆发“寒武纪生物大爆炸”。之所以用大爆炸来形容这次生物的爆发，完全是因为其爆发速度实在惊人匪夷所思，与之前的30多亿年生物的沉寂形成了鲜明的对比。
在2000多万年时间内突然涌现出各种各样的动物，它们不约而同的迅速起源、立即出现。节肢、腕足、蠕形、海绵、脊索动物等等一系列与现代动物形态基本相同的动物在地球上来了个“集体亮相”，形成了多种门类动物同时存在的繁荣景象。
至于为何会出现这样的生物大爆炸，达尔文也很困惑，他认为与前寒武纪有很大的关系，毕竟生命进化是从低级到高级，从海洋到陆地。但是，前寒武纪实在太过于遥远，重要的是化石缺乏的厉害。也是因为如此，寒武纪生物大爆炸被列为了国际学术界的“十大科学难题”之一。
植物走向陆地是在4.3亿年前。33亿年前，海洋中已有藻类生成。25亿年前真核藻类出现。4.38亿年前，海洋中的藻类在陆地扎根，陆地上也开始出现了绿色。
3亿年前，陆地上出现了第一批动物“爬行动物”，与两栖动物不同，爬行动物产的卵有一层坚韧的钙质外壳，这使得产卵可以在陆地上进行，它们就不必周期性地返回海洋了。它们个体很小，和现在的娃娃鱼一般大。但是，生长和分化的很快。一些爬行动物逐渐适应了以草为食，一些爬行动物则是走向了更高的营养级，以肉类为食。
统治地球1.6亿年的恐龙正是属于爬行动物，但可以看出与它们的远祖相比，体型大了不少，体长可以达到几十米，体重也可以达到数十吨。因为在这几亿年里，植物也在不断的发展，并且由于其种子更多更容易适应环境，很快就遍布全球大陆。因此，恐龙也有了食物和更充足的氧气让其生存。
而早在恐龙时代，我们的哺乳类祖先就已经出现。2.25亿年前，爬行动物中的犬齿兽类的一个分支，逐渐走向了哺乳类动物的进化路线。隐王兽便出现了，它比老鼠体型略大，外观和老鼠类似。但是由于其保留下来的化石很少，目前还并不确定其是否为哺乳动物，只能称之为哺乳动物的祖先。
距今约2.05亿年前，一种名为中华尖齿兽的哺乳动物出现了，它与隐王兽的外观非常的相似，但是，比起隐王兽，它的牙齿开始了分化，内耳也更加的发达，这些特征都与现在的哺乳动物更加接近了。
6500万年前，随着恐龙这个强大竞争对手的灭绝。哺乳动物开始崛起，并迅速占领了大量的生态位置，随后哺乳动物的体型也变得更大。
2500万年前，古猿类从猴类中分离；1000万—1200万年前，森林古猿出现；600-800万年前南方古猿出现，与大猩猩祖分离；400-600万年前，人类祖先与黑猩猩祖先分道扬镳；300万年前，能人出现。
为何要有生殖隔离？
如果没有生殖隔离，地球生物早已不复存在。
没有生殖隔离，也就意味着地球上不存在这么多的物种，即便地球上存在生物也是同一种生物，就不会有植物和动物之分。又或者压根就不会有植物和动物产生。
地球早期的单细胞生物，就如同草履虫一样。无性生殖，本体一分为二就成了两个生命体。而这两个生命体可以说是一模一样的，不仅长的一样，抵抗外界不良环境的能力也是一样的。
而自从细胞生物诞生以来，病毒也就开始存在，这点可以追踪到近40亿年前。
没有生殖隔离，病毒对于我们是致命的。病毒不能单独存在，只能寄生在细胞中再复制扩散。如果地球生物都是同一种，那么病毒一旦出现就如同上了高速一般，迅速在地球生物之间扩散。那么，该如何防御这场灾难。目前，很多的病毒只能寄生在一些特定物种身上，并不能在其他物种体内生存。全世界200多种蝙蝠共携带4000多种病毒，但并非所有的病毒都会传染给人类，这就是生殖隔离的好处。
没有生殖隔离，6500万年前我们也不会幸存下来。没有生殖隔离，就不会有食物链存在，而目前看来缺乏生产者、消费者、分解者中任意一个环节，地球生态都不能稳定。
缺乏以植物为代表的生产者，氧气如何来？有机物如何合成？而缺乏消费者和分解者有机物中的营养如何传递？元素如何分解循环再利用？这里就出现了几个大的问题。
生殖隔离包括地理隔离、生态隔离、杂种不活、杂种不育和杂种衰败等。
不同物种分化时间间隔越久，生殖隔离也越严重。
动物和藻类形成时间有几十亿年的间隔，导致它们之间生殖方式都不同，更不要说交配和生殖后代。
陆地上的不同植物，虽同为植物界，但其祖先分道扬镳已有数亿年，致使不同的物种形成了不同的生殖方式（花期，受精方式等）。
不同种的动物之间也有生殖隔离也。动物形成的时间虽比植物晚很多亿年，但其进化程度远远高于植物，为更高级的物种。一般而言动物分雌雄，而植物只有部分分雌雄。为了更好的生存，动物进化出了生殖器，而不同动物之间的生殖器（形状、大小）也有很大的差别，致使不能交配。
而一些同科不同属的动物由于其分化出来的时间较短，即使可以交配也不会产生后代，或者产生不可育后代。比如，马和驴同属不同种，产生不可育的骡子。
生殖隔离这一机制的产生实则是变相的保护了地球生物，使得地球生物多样性更复杂，生态系统更稳定，也使得生物更容易生存和延续！
从概念上讲，不同的种群对同一选择问题进化出了不同的遗传解决方案，反过来不同的遗传解决方案彼此不相融，最终导致了生殖隔离。因为在生态物种形成过程中，两个种群之间各自会偏好不同的等位基因。通俗地讲就是张三进化出了“X+Y”的解题方式，而李四却喜欢用“αβ”来解决问题，虽然这两个人的后代都可以将各自的解题方式发挥的炉火纯青，也都能将问题解决，但彼此之间却不能有效兼容，无法结合出更高级的解题方式，所以我们就认为这是生殖隔离。
生殖隔离在物种进化中是独一无二的，因为它不是单一物种成员所共有的特征，而是一对物种的共同属性的复合特征，且单个物种只能相对于另一个物种进行生殖隔离。此外，就其本质而言，生殖隔离是一种几乎总是涉及同源染色体上等位基因之间不同形态的特征。例如，当雌性（动物、植物）进化出更喜欢同种雄性的特征时，会导致性别隔离，而这些特征在不同物种中的形态表现都不同，所以，与生殖隔离最有关系的当属等位基因。
不过以上只是生殖隔离原理方面的回答，而现实生活中能影响生殖隔离的因素还有很多，其中基础地理最为重要，因为基础地理环境能够细分出不同的物种种群，且不同的地理环境中资源不同、饮食不同、水源不同，这就有可能引起不一样的基因突变概率，最终产生不同的生殖隔离方向，实际上地球上现有的物种分化也正是建立在基础地理之上。
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和染色体有关系
乡吧佬李的生活个人猜想，
物种起源没有现在种类，最出是可以交合生育后代，这样物种越来越多，也越来越乱，因为是杂交物种，有基因改变和进化，不同门类形态各异，就有了不能溶和产生了生殖隔离，形成了各个科各目的物种，随着时间推移时光变迁，环境气候改变，基因排序变异，才形成当今门类繁多的世界
就象我们的古语，龙生九子各有不同。
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生殖隔离和生殖器官的尺寸、生存环境、活动时间、染色体数量和结构差异都有关。比如猫和狮子的染色体数量相同，可总不能让猫和狮子交配吧，器官差异巨大，会死猫的。
生殖隔离简单说就是影响生物正常基因交流的因素，在初中生物中降到了一种最常见的类型，那就是染色体数量的差异。动物在交配的时候其实是染色体组的分离和新染色体组的形成，形成生殖细胞的时候是经过减数分裂形成具备单倍体染色体组的细胞，染色体也是遵循自由分配的原则，姐妹染色单体的分离并无明显规律，而雌雄个体都是这样，那么它们都只能形成一套具备完整基因的单倍体，但是却不能发育为完整个体。两性繁殖的生物必须由两个单倍体的生殖细胞形成一个双倍体染色体组的受精卵。
然而染色体的结构也会存在差异，因为染色体也存在移位、易位、倒置等变异，这会导致基因的改变，也会导致生物染色体结构的差异，相同物种之间的交配活动，姐妹染色体组的形成使细胞具有完整的基因，还可以避免这种影响。可是染色体结构差异太大的话，姐妹染色体之间无法形成完美的配对，姐妹染色体之间有大量的非同源区段，那么就部分基因的显隐性，非同源区段的基因理论上都可以表达，结果就是指导生物生长发育繁殖的时候存在差异，导致受精卵无法发育。即便发育也可能不育。
所以生殖隔离有两种形式：杂交不育，也就是染色体组之类的差异过大，导致生殖细胞无法集合；杂交衰变，极少数动物杂交能偶然生出具有生殖能力的后代，例如某些雌性的骡子，可是它毕竟不是主流的动物，早晚会因为和马或者驴的杂交使得基因被冲淡，就如同如今的一些美国黑人一样，因为是多代的杂交，有些肤色和白人没什么两样，他自己不说你都未必能认出他是混血。这两种形式都是的种群之间相互之间的基因影响很小或者干脆没有，于是两个种群的物种本能地找自己种群中的物种。
此外，就是自然的影响。由于食物链的影响，动物都形成了固有的生物钟，有的白天活动有的夜晚活动，有的只夏天活动，有的只春天活动；也因为生存环境的差异，生物难以跨越空间距离交配，就如同之前澳大利亚的防控指南，在进行性方面的活动时两人应隔开1.5米，这不是难为人吗？动物也是一样，尽管猿类多是24对染色体，可是它们因为生活地区、习性、体型等有所不同，无法有效地交流基因，而进化只会使得不同的种群差异越来越大，于是两者再也无法进行有效的生殖交流。这就是生殖隔离。
生殖隔离不是说两者无法交配。也不是说完全不能产生后代，而是强调两者无法发生长久、有效的基因交流。自然进化的因素会使得物种的差异越来越大。人类和猿都是起源于古猿，可是不论是外形还是智商都差异巨大，而且人和现生猿之间有很大的差异，形成了稳固的生殖隔离。