在个人所得税的APP上填了房租贷款利息扣除信息，最后显示的内容是在您综合年度自行申报时扣除，这是什么意思？
选择申报方式，有两种：通过扣缴义务人申报和综合年度所得自行申报。他们的区别就是，扣缴义务人申报是单位负责申报，每个月发工资都会代扣缴，如果选择这项会填报单位信息。综合年度所得自行申报就是暂时先不扣，自己在次年3月1日至6月30日办理汇算清缴，多退少补。如下图
最后填报完成，会提示已提交，提交后自己也可以作废，或者修改的如下图
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这个是选择个税抵扣途径。目前有两种：一个通过扣缴义务人，另外一个是综合所得年度自行申报。
第一、通过扣缴义务人申报。就是通过所在工作单位申报。一般有工作单位的人员可以通过选择此项来进行扣除。
通过工作单位申报后，每个月发工资时候在预缴预扣个税时进行抵扣了。
第二、选择综合所得年度自行申报。这种比较适合自由职业者，或者不想自己个人信息过渡曝光给工作单位的人员，都可以选择这种方式。
这种方式就积攒到一起进行年会个税汇算清缴时，一次性进行汇缴申报。申报时间为第二年的年初，各地规定略有不同，有的地区是1-3月，有的是3-6月，具体可关注个税app相关通知。经过年度汇算清缴后，如果总体多缴税了，就会进行相关的退税。
与第一种方式不同的是，由单位申报直接每个月就已经进行相关抵扣了，如果是第二种就是个人自行申报，需要等到年度汇算清缴时一并核算进行相关抵扣完，如果多缴税了就进行退税。
两个途径，对于总体缴纳个税的数额不会有影响，只是一种是先享受了抵扣每个月少缴税了，另外一种是到下一年初的时候进行汇算清缴完进行退税。不管是哪种方式，最终一年下来年度缴税总额都是一致的。
需要提醒大家的，2020年专项抵扣项目确认申报已经开始，需要个人在个人所得税app端进行确认或调整，截止日期为2019年12月30日。另外对于年收入低于12万人群，目前不需要进行年度汇算清缴，税局会自行结算，执行多缴税不需要补缴多扣税可以退税的政策。
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这是新个税改革的内容之一，指的是办理专项附加扣除的途径。
老的个人所得税申报方式有两种：第一种是有关单位在发工资或支付收入的时候代扣代缴，这一条适用于绝大多数工薪阶层；第二种是年所得12万以上的个人在次年3月底前向税务机关自行进行纳税申报。存在从中国境内两处或者两处以上取得工资、薪金所得的，从中国境外取得所得的，取得应纳税所得但没有扣缴义务人的等情形之一的，也应当按照第二种情况自行进行纳税申报。
此次个税改革后，继承了原来的两种申报方式，称之为“通过扣缴义务人申报、综合所得年度自行申报”，但做了一些微调。平时有两种不同选择：
一、选择“通过扣缴义务人申报”。除大病医疗以外，子女教育、赡养老人、房贷利息、住房租金、继续教育五项专项附加扣除，大家可以选择在单位发放工资薪金时，按月享受专项附加扣除政策。前提是，需要在单位发放工资薪金前，选择“通过扣缴义务人申报”，将扣除信息推送至单位。申报时应注意准确填写扣缴义务人名称及扣缴义务人纳税人识别号（统一社会信用代码）。单位财务需要在个税系统上接收相关扣除信息，并在次月办理扣缴申报时进行扣除。
二、选择“综合所得年度自行申报”。个人在次年3月1日至6月30日内，自行向汇缴地主管税务机关办理汇算清缴申报。一般适用于存在以下情形之一的个人：1.不愿意将相关专项附加扣除信息报送给单位的；2.有外单位发放的劳务报酬、稿酬、特许权使用费所得的；3.有大病医疗支出项目的；4.纳税年度内未足额享受专项附加扣除的其他情形。
这种选择是有调整机会的。如果一个纳税年度内，个人在单位预扣预缴税款环节未享受或未足额享受专项附加扣除的，可以在当年内向支付工资、薪金的单位申请在剩余月份发放工资、薪金时补充扣除，也可以在次年3月1日至6月30日内，向汇缴地主管税务机关办理汇算清缴时申报扣除。也就是说，选第一种方式如果少扣了不要紧，可以在次年2季度在进行汇算清缴申报扣除。多扣了也可以同样操作。
综合以上规定，如果有单位发放工资薪金的，尽量选择“通过扣缴义务人申报”。
这个和你最后选择的扣缴方式有关。
让你选择个税扣除办理的途径。
一般来说现在的税务扣除有两种方式：
第一种是单位负责申报，每次发工资的时候对其进行扣除。
第二种是综合年度所得进行申报，这种申报形式是个人的，而且不是立即扣除，到次年三月一日至六月三十日，在这个时期内进行上缴就可以了。
值得注意的是无论是哪种形式都可以帮助自己缴清个人所得税，但要根据自己的情况而选择一个比较适合自己的。第一种交税方式适合绝大部分的工薪阶层，因为不需要自己费心，公司就可以帮你解决这些问题。第二种比较适合年度工资发放在十二万以上的工薪阶层。因为年度上缴比较简单，也容易计算。
所以，在选择两种扣税方式的时候一定要选择一个更加适合自己的。毕竟选择不对的时候，扣除的税估计会让自己后悔的。因为现在所采取的扣税方式是阶梯式，减去起征点，然后按照工资阶段开始扣除。按照年度扣税的方式也有些不同，是按照自己的年度工资，平均分配到每个月，然后进行扣除。
这句话的意思就是让你选择一个属于自己的扣税方式，但哪种方式更加适合还要看自己的情况啊。
最后一步选择申报方式，有两种：通过扣缴义务人申报和综合年度所得自行申报。
他们的区别就是，扣缴义务人申报是单位负责申报，每个月发工资都会代扣缴，如果选择这项会填报单位信息。综合年度所得自行申报就是暂时先不扣，自己在次年3月1日至6月30日办理汇算清缴，多退少补。
在计算个人所得税综合所得时，首套房贷利息支出是作为“六项专项附加扣除项目”，允许在计算应纳税所得时进行扣除。
不同的扣除方式，一样的纳税结果。
申报专项附加扣除的方法有两种，一种是由纳税人自己在年度汇算清缴时自行申报扣除；另外一种是在平常取得工资薪金时，由任职单位代扣代缴时扣除。
两种方法的区别在于申报扣除方式不同，结果却是一样的，都能够起到抵扣的作用。
假如个人所得税APP上显示年度自行申报时扣除，那么在平常扣缴工资薪金个人所得税时就不会扣除，只有在年终汇算清缴的时候才会一次性扣除。
这样就很可能会造成一个结果，也就是平常预扣预缴个人所得税时，可能会多预缴税款。但是在汇算清缴的时候，与年终一次性扣除的结果是一样的。
举例：
张某购置一套住房，办理了商业贷款，属于个人首套贷款。根据个人所得税法规定，可以享受每月税前扣除1000元的待遇。假设每月工资为7500元，个人缴纳的三险一金1500元，没有其他专项附加扣除项目。
一、假如在平常预扣预缴时，就申报扣除首套房贷利息支出。
每月纳税所得额=7500元-1500元-5000元-1000元=0元。在平常就不用预缴个税。
二、假如在年终汇算清缴时，再申报扣除首套房贷利息支出。
那么每月就少扣除1000元，很有可能需要预缴个税。但是在年终汇算清缴时再申报扣除首套房贷利息支出，纳税人就可以申请将预缴的个税退还。
总结
所以假如选择在年终汇算清缴时再申报扣除，平常预缴税款就比较多一点，会给纳税人造成一定的资金上的负担，年终还需要再办理退税，相对比较麻烦。
但是这种方式也有一定的好处，那就是保密性比较强，任职单位的财务人员不掌握个人信息。
因为假如纳税人自己通过个人所得税APP申报扣除，除了税务机关掌握首套住房贷款的情况，任职单位是不知道的。
关于这个问题回答如下：
1.这种情况应该是你填报专项附加扣除信息时选择了由年度汇算自行申报 而不是扣缴义务人申报方式。就是你的个人首套住房贷款利息个人所得税专项附加扣除在年度汇算时扣除 ，平时预扣预缴阶段不能扣除。实际上这种方式对个人综合所得个人所得税总体纳税金额没有什么大的影响，只是平时预扣预缴个人所得税多一点。
2.专项附加扣除信息不选择扣缴单位申报，唯一的好处就是个人一些隐私信息单位就不会知道。比如你的购房信息，一般情况下，如果自己不申报，单位就不会知道。
3.还有一种可能就是如果你是灵活就业人员。平时只有劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得， 没有工资薪金所得，这种情况专项附加扣除只能在年度个人综合所得汇算时自行申报扣除。
这和个税专项附加扣除信息采集时选择的申报方式有关。可选申报方式有两种，第一种为通过扣缴义务人申报，也就是单位每月按你填的信息予以扣除。第二种就是这个，要等第二年3到6月年度汇算清缴时再按全年予以扣除。
填好就行了，到时候第二年就会把扣除部分退给你。