企业公账收到个人账户打进来的款项，但开票要开公司名称，这样合法吗？
这样做并没有不合法。如果通过私人账户付款，对于开票的有效性没有影响，实际中有时候也有这样的操作。但是如无必要，保证三流合一是最稳妥的。
1. 三流一致的要求与实际中的情况
一般我们都说，要求三流一致，即保证货物流、资金流和发票流的一致性。但是，实际当中出现三流不一致的情形也并不少见。
比如，我们员工要出差去住宿酒店，那么有些单位是统一去预定，然后付款，有些单位是员工去付款，然后回来报销，也有些单位是先给员工备用金，然后员工回来报销，这样的情形都很普遍，而取得的单位抬头的发票，回来也可以正常地报销抵扣。
针对这一情况，国家税务总局2016年5月26日视频会政策问题解答也有说明：“现行政策在住宿费的进项税抵扣方面，从未作出过类似的限制性规定，纳税人无论通过私人账户还是对公账户支付住宿费，只要其购买的住宿服务符合现行规定，都可以抵扣进项税。而且，需要补充说明的是，不仅是住宿费，对纳税人购进的其他任何货物、服务，都没有因付款账户不同而对进项税抵扣作出限制性规定。” 因此，不存在说不合法的说法。
2. 如无必要，尽量选择最优
虽然这样的情况在实际当中是存在的，但是并不是说就主张这样的做法。对于一般的货款，还是尽量按照正常的途径来走为好。我们可以从以下几个方面来考虑：
（1） 避免产生异议
代付款一般也需要提供相应的凭证，授权代付文件、交易凭证、付款信息等。为避免后续产生歧义和纠纷，那么最好是在合同中就约定，后续照着执行。
（2） 从实际的角度出发
一般的个人都是不太愿意代付的，非要选择代付，这后面又有什么原因？是对方财务管理混乱，还是有什么风险？为避免这些问题，还是尽量选择规范的方式交易。
（3） 对内控的影响
对企业的内部控制来说，代付的情况多了，可能最后会出现财务管理的混乱。为了保持财务流程的规范，可以尽量采取三流一致的方式交易。
所以，从规范性的角度来说，如果没有特别的必要，还是尽量考虑三流一致的做法，这样不会引起后续的问题。如果确实需要进行代付的，那么也要注意相关的手续和资料留存。
企业公账收到私人打款却对公开户开发票是否合法？
要回答这个问题，首先要了解情况，寥寥数字，确实没法准确判断，只能按常理推测回答！
第一，私人打款时是否注明了转款用途？如果注明是代某某公司支付某某款项，对应的有某某公司转款给该私人账户或者挂了其他应付款等证据链做支撑，发票开给公司不但合法而且没有风险。
第二，公司和个人签订代付款协议的，同上，也合法没风险。
第三，个人打款给公户，开公司发票没有注明也没有协议，即便是真实交易，如何证明？要知道很多真实交易是需要证据链做支撑的，没有证据或证据链不完善都会有被稽查补税的风险。
第四，所谓的真实交易不是我们认为的真实而是税务部门认为的真实，比如，我们购买物资，没有发票，只有转账记录和合同，我们可以做账但是不能税前扣除，为什么呢？因为证据链不完善啊，如果强行做税前扣除结果会如何呢？不言而喻！
为什么说三流合一、四流合一，为的是各个环节可以互相映衬，互相证明形成一个完整的证据链，证明业务的真实性，真实性不是嘴巴说的，是要证据证明的。如果没有三流一致四流一致也行，只要你能有证据证明交易的真实性，绕弯路多少还会存在风险性的。
一、企业开具发票是否合法，主要是有没有真实合法的经济业务交易。
根据发票管理办法的有关规定，企业不得虚开发票的几种情形：
1、完全没有经济业务交易的虚开发票。
2、为其他单位代开的发票。
3、虽有经济业务交易，但开票的购买单位名称与实际不符的发票，如甲公司购买的商品开发票却为乙公司。
4、虽有经济业务交易，但开票的品名与实际不符的发票，如买的服装开发票却为办公用品。
5、虽有经济业务交易，但开的金额与实际不符的发票，如购买金额1000元开发票金额却为2000元。
二、企业公账收到个人账户打进来的款项，但开票要开公司名称，是否合法?
答案是：只要是真实合法的交易，就是合法的，它和款项的支付方式没有必然的联系。
但是，这种情况有一定的风险，避免这种风险的办法是索取购买单位的证明材料。如介绍信、付款委托书等。
只要业务真实，合法性没有问题。
企业收到个人转进来的款项，但发票开给公司，这种情况在现实中非常普遍。比如：出差期间的住宿费用，一般情况下，都是个人先支付，然后回到公司报销。你能说这种情况不正常？还有出差的高铁票费用、飞机票费用，不仅是款项是个人支付的，上面还写着个人姓名，没有公司名称，你能说不合理，不可以报销？因此，无论是企业会计准则还是税法，都强调业务的真实性，而对于款项如何支付并没有强制要求，事实上也不可以作为不切合实际的强制要求。从这一点上说，企业公账收到个人账户打进来的款项，但开票要开公司名称，只要业务真实，不存在任何问题。
楼主可能担心的是税务风险。
从税务的角度看，能做到三流合一当然最好，也是最理想的状态，但现实中不可能完全做到。这个需要结合业务的具体情况，不可机械的生搬硬套。
所谓三流合一只是形式上的，业务的真实性才是关键。一些虚开发票的行为，大多都会做到三流合一，能以此判定业务其合法性吗？当然不能，因为业务不真实。
但作为企业，三流合一当然是最理想的状态。所以，应加强内部控制制度，完善业务流程，对大额支付加强管理。对于具备三流合一条件的，尽可能做到三流合一，款项不允许从个人账户直接支付。对于确实不能做到三流合一的，需要针对业务的具体情况，保存相关原始证据，以证明业务的真实性，合法性，这才是问题的关键。
只要业务真实，没有虚开发票，就不需要过多担心。在发票开具方面，税务局关注的是业务真实、发票开具合规，并且没有资金回流等虚开发票的特征。
理想情况下的发票开具。
在理想情况下，一项交易需要开具发票时，应当与交易的真实情况完全相符。包括以下几个要点：
- 发票的金额、数量、货物劳务的名称、（建筑、运输等）交易发生地与交易实际情况相符。
- 发票的开具、接受方与交易双方完全一致，不存在第三方开具发票的情况。
- 资金的流向与交易双方相符。
这是理想情况下，最规范，最无懈可击的，经得住任何检查。
但是，市场交易的实际情况非常复杂，并不一定都能满足理想要求。那就只能退而求其次。
守住不虚开发票的底线。
前面也说了，并不是所有交易都能完全做到发票、货物劳务和资金“三流一致”。
例如，甲方公司对公账户被冻结了，只能通过私人账户付款。这种情况是存在的，作为开票方，不需要太担心，只要守住“不虚开发票”的底线就可以。
那么，哪些情况是虚开发票呢？
(1)为他人、为自己开具和实际经营业务情况不一致的发票;
(2)让他人为自己开具和实际经营业务情况不一致的发票;
(3)介绍他人开具和实际情况不一致的发票。
只要不发生上述虚开发票的情况，不踩地雷，即使是对方私人账户付款，也没有什么好担心的。
只要业务是真实的，个人认为就是合法的。
一、如果业务是偶发性的、金额较小的
为了方便，在现实中是经常看到个人付款，然后发票开单位的。比如，招待费，住宿费以及零星费用或购买支出等。估计这种操作，大家包括税务部门也无可非议。
二、如果业务是经常性、且金额较大
如果是这种情况，个人建议对公支支付，比较好。金额较大，各个单位要求不同，有的单位要求2000元、有的单位要求5000元等，如果超过了限定的金额要求对公支出。
付款后要求对方开具的发票为专票时，尤其建议对公支付。
三、如果确实个人支付，业务也是真实的
要求对方开具发票时，可以让单位开个证明或说明给对方，款项因某种原因由个人垫付，发票开给单位，同时提供对方单位的开票信息。
这种操作方式也是可以的。当然，有题主这个担心，主要是三流一致的事情。但是，只要业务是真实的，即使三流不一致，也不能认定发票有问题。
四、三流一致的由来
金税三期以及人们对规范经营意识的提高，要求票据流、货物流、资金流即三流一致，后来要增加了合同流、服务流或信息流这2个流，到了5流一致。
上图是三流一致的由来。当然能三流一致，尽量三流一致，为了不必要的麻烦。
五、如果不能三流一致
上两个图是三流不一致的情形。如果出现了三流不一致的情形怎么办呢？
1、如果是个人，建议由单位出具相关说明或证明。
2、如果是单位，或出具三方转账协议或出具说明。
以上两个说明或证明的出具，是确认业务的实质，自己清楚，税局的也认为是适当的。
看情况：
1、企业与公司做生意，合同是和公司签订，发货也是发给这家公司，只是货款是由个人账户支付的（公司事先说明了要个人账户付款），这种情况，做个三方的代收代付协议也是可以的。
2、企业与个人做生意，发货也是发给个人，这样的情况就不能开票给公司，有可能被认为是虚开发票。（有没有可能：个人不需要发票，将发票卖给另外的公司，收税点呢）